O presente trabalho avalia a qualidade da água em duas microbacias urbanas (rios Urucutiua e Claro) situadas na Ilha do Maranhão, visando comparar os efeitos da urbanização e os impactos ambientais. Para isso, realizou-se análise laboratorial de parâmetros físico-químicos e microbiológicos de amostras de água superficial coletadas bimestralmente (2013-2014) em quatro pontos e; o mapeamento do uso e ocupação do solo das microbacias por meio do SIG ArcGIS, em recorte temporal (2007-2014) de imagens de satélite Quickbird. Os resultados indicaram, a contaminação em níveis elevados por microrganismos patogênicos em todas as amostras: Escherichia coli, na bacia do rio Urucutiua e; Escherichia coli, Proteus mirabilis, Proteus penneri, e Chromobacterium violaceum, na bacia do rio Claro. Os parâmetros físico-químicos mostraram acidez elevada em todas as amostras; Oxigênio Dissolvido abaixo do recomendado em 75% das amostras do rio Claro e 33% do rio Urucutiua; e Nitrogênio total acima do permitido em 91,7% das amostras. O uso do solo mostrou que a microbacia do rio Urucutiua sofreu as maiores alterações, com expressiva supressão da vegetação (71,6%, em 2007 e; 34,1% em 2014) e aumento das áreas de solo exposto, enquanto a bacia do rio Claro apresentou consolidação do processo de urbanização.