A produção de morangos semi-hidropônicos protegidos é cada vez maior. Botrytis cinerea é a doença que mais causa danos nesse sistema. Devido à rápida e desuniforme maturação dos frutos é difícil manejar essa doença com fungicidas químicos. O uso de biofungicidas vêm sendo uma alternativa para reduzir a contaminação do meio ambiente, manejar doenças resistentes à fungicidase controle de patógenos em cultivos orgânicos. Porém não existem muitos estudos sobre o efeito desses produtos sobre B.cinerea. Assim, os objetivos deste trabalho foram comparar biofungicidas compostos de Bacillus sp., em diferentes doses, para o controle de B.cinerea, Rhizopus stolonifer e a produção de frutos de morangueiro em sistema semi-hidropônico. Dois experimentos comparativos de Bacillus subtilis QST 173 (B.s.) e Bacillus amyloliquefaciens D747 (B.a.) foram comparados com aplicações de água. Os ensaios foram em cultivo semi-hidropônico protegido da empresa Italbraz Ltda, localizada em Vacaria-RS. Os resultados obtidos informam que nas doses 0,8 kg/ha de B.a. e 1,6 L/ha de B.s., o B.a. é mais eficiente no controle de B. cinerea. Já nas doses de 1,0 kg/ha de B.a. e 2,0 L/ha de B.s., somente B.a. controla B. cinerea. B.a. e B.s. não controlam R. stolonifer e não afetam a produção de morangos.