Métodos analÃticos microbiológicos na indústria de alimentos são essenciais para a liberação de lotes de alimentos seguros. Porém, os métodos oficiais aplicados apresentam desvantagens quando comparados com métodos sofisticados, além disso, existe a demanda por novos métodos rápidos e de confiabilidade. Neste sentido, métodos fundamentados em Polymerase Chain Reaction destacam-se como substitutos ou complementares aos métodos convencionais. Assim, o presente artigo possui como objetivo verificar a visão dos gestores de laboratórios microbiológicos quanto à utilização do diagnóstico molecular como auxiliar no controle microbiológico de alimentos. Para verificar a visão dos gestores foi realizada a observação indireta com a aplicação de um questionário semi-estruturado em quatro empresas processadoras de alimentos e duas empresas que terceirizam diagnóstico microbiológico em alimentos, localizadas na região dos Campos Gerais, Paraná. O questionário foi aplicado após a avaliação e pré-teste, os quais permitiram a verificação da estabilidade e confiabilidade. Os resultados apontaram, de modo geral, que a visão dos gestores é positiva, estes destacam os benefÃcios do emprego de técnicas moleculares, embora apenas uma empresa faça uso do diagnóstico molecular. Foi possÃvel observar que para as empresas se voltarem para a inovação em métodos analÃticos é necessário que a legislação brasileira vigente se amplie, pois está focada em métodos que podem oferecer dificuldades de execução, enquanto, existe a possibilidade de aplicação de técnicas confiáveis que não somente as moleculares.