Este trabalho descreve as principais diretrizes utilizadas no desenvolvimento do Módulo de Acompanhamento e Avaliação, do ambiente colaborativo para desenvolvimento de projetos interdisciplinares.– WebProInter .Os principais objetivos do sistema de avaliação são: subsidiar os pesquisadores para o planejamento e a tomada de decisões; conhecer em profundidade os pontos fortes e fracos do ambiente; contribuir para a definição de prioridades de ação; possibilitar a redefinição de objetivos e ações, quando necessário; e produzir um sistema de informações quantitativas e qualitativas para o acompanhamento da trajetória de desenvolvimento dos projetos e aprendizagem dos alunos envolvidos. Os resultados obtidos a partir da pesquisa fundamentaram-se em três aspectos: a) Interatividade; b) Desenvolvimento das atividades e produtos c) Acompanhamento contínuo de aprendizagem, considerados fundamentais para o processo de avaliação do ambiente WebProInter. Buscando captar esses aspectos foram desenvolvidas ferramentas que possibilitassem auxiliar o trabalho de análise.