Bacteroides fragilis é um anaeróbio Gram-negativo, membro da microbiota intestinal residente. Uma característica importante da sua biologia, não diretamente relacionada com a produção de doenças infecciosas, mas relacionada com a sua persistência, é o aumento da resistência aos antimicrobianos. Várias evidências mostram que os antimicrobianos podem interferir com a expressão de determinantes de virulência microbiana. Nosso objetivo foi investigar a interferência de antimicrobianos na patogenicidade de B. fragilis em camundongos BALB/c, após desafio experimental. Trinta animais foram desafiados intraperitonealmente com B. fragilis ATCC 25285 (parental) e quatro linhagens derivadas selecionados pela exposição a concentrações subinibitórias de ampicilina (AMP), ampicilina/sulbactam (AMS), clindamicina (CLI) e cloranfenicol (CLO). Os camundongos foram necropsiados, os níveis de TNF-α, IL-6 e IFN-γ foram determinados por ELISA em seu intestino delgado e a histologia foi realizada, para avaliar o baço e fígado. Os camundongos inoculados com a linhagem B. fragilis AMS apresentaram um maior nível de TNF-α, IL-6 e IFN-γ quando comparados com os outros sete dias pós-infecção (pi), bem como os animais desafiados com a linhagem AMP, considerando os níveis de IL-6. No entanto, estes níveis de citocinas mostraram-se diminuídos após quatorze dias pi. Animais desafiados com as linhagens CLI e CLO não apresentaram níveis significativos de liberação de citocinas no intestino delgado. Alterações histológicas foram observadas no baço e no fígado dos animais desafiados com as diferentes linhagens bacterianas. Estes dados preliminares sugerem que, uma vez que estas drogas têm diferentes interações com a célula bacteriana, B. fragilis pode apresentar diferentes interações patógeno-hospedeiro, em resposta ao uso de antimicrobianos. Uma vez que essas interações podem ser prejudiciais para os hopedeiros, como observado através do aumento da liberação de mediadores inflamatórios, os resultados chamam a atenção para o risco de terapia inadequada. Mesmo em baixas concentrações, os antimicrobianos podem interferir com a patogenicidade de Bacteroides spp.