A presente pesquisa tem por objetivo investigar a possibilidade de exercício efetivo da autonomia do paciente no contexto de uma contaminação por coronavírus, bem como o dever de informação que os médicos possuem para obter o consentimento livre e esclarecido do paciente quando o tratamento envolver o uso dos medicamentos Cloroquina e Hidroxicloroquina. Para o desenvolvimento da pesquisa foi utilizado o método da revisão bibliográfica, por meio de um estudo cuidadoso da legislação, de livros dos mais renomados autores e de artigos científicos. Um dos princípios norteadores da discussão é o da autonomia do paciente, posto que esse é fruto de avanços históricos e não pode simplesmente ser desconsiderado. Além de atual, o tema possui elevada relevância, pois há autoridades nacionais em saúde como o Ministério da Saúde que têm adotado protocolos de tratamentos baseados em técnicas contestáveis e opostas às divulgadas por pesquisas e orientações internacionais relatadas pela Organização Mundial da Saúde (OMS) e Agência Nacional de Vigilância Sanitária (ANVISA). Ademais, some-se tal contexto de instabilidade a desinformação em saúde no que compreende a eficácia dos fármacos no tratamento do coronavírus. Em virtude disso, busca-se discutir os reflexos dessas contradições nas decisões que o paciente venha a tomar naquilo que compreende sua saúde, haja vista que o supracitado contexto irradia seus efeitos a toda sociedade. Ao final chega-se à conclusão de que é dever do médico informar ao paciente sobre todos os prós e contras que envolvem o uso da Cloroquina e Hidroxicloroquina no tratamento da covid-19, pois, somente assim poderá obter o consentimento livre e esclarecido e, consequentemente, possibilitará o efetivo exercício da autonomia do paciente. Outrossim, a ausência de cumprimento do dever de informação possibilita que o médico seja responsabilizado, conforme entendimentos jurisprudenciais brasileiros e Código de Ética Médica.