Quando necessária a análise do fluxo anual de CO2 entre a superfície e a atmosfera, a técnica indicada é a covariância dos vórtices, no entanto, esta técnica pode apresentar falhas na estimativa dos fluxos horários, sendo assim de grande necessidade a utilização de técnicas de preenchimento de dados. Neste trabalho, foi aplicada uma técnica que consiste em utilizar modelos de regressões não lineares, relacionando o fluxo de CO2 com a temperatura e a radiação global incidente para preencher as lacunas. Os resultados mostraram uma relação satisfatória entre os resultados do modelo e os dados observados para um período de 2 anos em uma cultura de arroz irrigado no município de Cachoeira do Sul no interior do Rio Grande do Sul.