Ao contrário do que se imaginava na literatura paleontológica brasileira, as primeiras coletas de fósseis no Brasil ocorreram no período de 400 a 200 anos antes do Descobrimento pelos portugueses. Longe de ter uma finalidade científica, foram coletados por indígenas da Amazônia e seu registro em urnas funerárias no Amapá permitiu a comprovação de longos deslocamentos dos índios da região. Registros documentados datam, porém, somente a partir das últimas décadas do século XVIII relatando a coleta de ossos gigantescos em lavras destinadas à procura de ouro em Minas Gerais, em poços no sertão nordestino ou escavações na Chapada do Araripe, remetidos em parte à Lisboa. Nos oitocentos, esse quadro mudou com as explorações dos naturalistas viajantes e das grandes expedições estrangeiras, culminando com as atividades da Comissão do Império, que coletaram e permitiram o conhecimento científico dos fósseis oriundos das regiões por elas exploradas. Neste trabalho apresenta-se uma síntese atualizada do conhecimento disponível sobre essas atividades, ressaltando o papel do Museu Nacional e a atuação de seus naturalistas nas pesquisas e guarda de importante acervo paleontológico brasileiro desde a sua fundação até o final do século XIX.