Mary Anning nasceu em 20 de maio de 1799, na pequena vila costeira de Lyme Regis, em Devon, na baía de Lyme, sudoeste da Inglaterra. Nomeada em homenagem à irmã, que havia morrido cinco meses antes dela nascer. Juntamente com o irmão Joseph (1796-1849) foi a única filha de Mary Moore (conhecida como Molly) e Richard Anning a chegar à idade adulta (Torrens, 1995).
Os pais de Mary Anning se casaram em 1793 e passaram a morar no centro de Lyme, em uma casa localizada na Bridge Street. Segundo Emling (2009), a casa alagava durante as tempestades – as quais Mary cita em suas cartas –, responsáveis por levarem fósseis para a praia. A casa foi demolida em 1889, para que o Museu de Lyme Regis fosse construído em seu lugar (Davis, 2009; Lyme, c2020).