Trata-se de um relato de experiência que objetivou efetuar a padronização dos fluxos nas farmácias dos Centros de Saúde da Família do município de Sobral-CE com vistas a garantir a qualidade do atendimento e acesso aos medicamentos. A construção dos Protocolos Operacionais Padrão (POP) ocorreu de forma de oficinas realizadas com o envolvimento dos farmacêuticos e atendentes de farmácia. Utilizou-se como diretrizes para elaboração dos POP a Portaria Ministerial nº 3916 de 30 de outubro de 1998 e a Portaria Municipal nº 184 de 21 de agosto de 2008 que dispõem sobre o controle de prescrição e da dispensação de medicamentos nas Unidades de Saúde da rede municipal do Sistema Único de Saúde de Sobral. Foram criados seis POP, a saber: para aquisição de medicamentos e material médico-hospitalar; para recebimento e conferência dos medicamentos e do material médico-hospitalar; para armazenamento dos medicamentos e do material médico-hospitalar; para controle de estoque; para entrega de medicamentos e para relacionamento interpessoal.