A gestão universitária no Brasil, tanto em instituições públicas quanto privadas, enfrenta desafios significativos, especialmente relacionados à capacitação dos gestores. Diante disto, o objetivo deste artigo compreendeu a discussão dos principais desafios enfrentados na gestão universitária das Universidades Públicas no Brasil e compará-los com a gestão universitária de universidades no exterior e instituições de ensino superior privadas. A metodologia consistiu em uma revisão bibliográfica, com foco na gestão universitária e atuação dos gestores institucionais. Os resultados apontaram que tanto em instituições públicas como privadas e universidades no exterior, evidencia-se como desafios à gestão, a ausência de formação específica dos gestores, a sobrecarga de trabalho, a desmotivação dos gestores e a falta de programas contínuos de capacitação para os gestores. Portanto, a fim de garantir a excelência operacional e administrativa das universidades públicas do Brasil, assim como promover maior eficiência e inovação no serviço público oferecido, destaca-se a necessidade de políticas públicas e institucionais para a formação contínua de gestores universitários dessas instituições.