Um levantamento taxonômico da diatomácea Pseudo-nitzschia H. Peragallo foi realizado com base em amostras coletadas no Paraná e Santa Catarina, sul do Brasil. As amostras foram coletadas mensalmente em diversos pontos em arrastos verticais do fundo a superfÃcie. Após observações em microscopia eletrônica, cinco espécies foram encontradas: P. australis Frenguelli, P. calliantha Lundholm, Moestrup & Hasle, P. linea Lundholm, Hasle & G. A. Fryxell, P. multiseries (Hasle) Hasle e P. pungens (Grunow ex Cleve) Hasle, além da variedade P. pungens var. cingulata Villac. As espécies P. calliantha e P. multiseries foram confi rmadas como tóxicas, e ocorreram em densidades elevadas nas amostras analisadas, aumentando a preocupação quanto ao risco de contaminação dos moluscos utilizados comercialmente na região. Variabilidade significativa ocorreu quanto à estrutura da valva em P. calliantha e P. pungens, em alguns casos confirmadas na literatura, e sugerindo a possÃvel presença de espécies semicrÃpticas. Em P. calliantha dois morfótipos foram bastante conspÃcuos, diferenciados pela largura da valva, número de poróides por estria, e forma da valva. P. linea é nova citação para o Brasil, e P. pungens var. cingulata é inédita para o Atlântico Sul Ocidental. Investigações futuras utilizando técnicas de biologia molecular poderão esclarecer se a variabilidade genética corresponde á variação morfológica observada e desvendar a presença de espécies semicrÃpticas nas populações de Pseudo-nitzschia no Sul do Brasil.