O presente trabalho analisa as implicações epistemológicas e paradigmáticas que perpassam o princípio da indissociabilidade entre ensino, pesquisa e extensão na organização do sistema universitário, buscando nos fundamentos da complexidade e da transdisciplinaridade um olhar articulador entre as atividades-meio. A investigação, orientada pela filosofia hermenêutica de Gadamer (2008), sustenta a tese de que o princípio da indissociabilidade implica mudanças epistemológicas e paradigmáticas nas condições contemporâneas da universidade, pois demanda a apropriação e produção de conhecimentos contextualizados, complexos e transdisciplinares, superando, progressivamente, os princípios do paradigma da modernidade subjacentes à organização e ao desenvolvimento das atividades da universidade.