A soja (Glycine max L.) tem uma expressiva importância no agronegócio brasileiro. O objetivo da pesquisa consistiu em avaliar os danos mecânicos e fisiológicos em sementes de soja, ocasionados durante as etapas de beneficiamento. O experimento foi desenvolvido na safra 2019/2020. Adotou-se o delineamento experimental inteiramente casualizado, 8X4. Os tratamentos foram constituídos pelas etapas de processamento da Unidade de Beneficiamento de Sementes (UBS). As variáveis analisadas foram: germinação, teste de vigor, teste de tetrazólio, massa de mil grãos, teor de água e danos por percevejo. Através dos resultados obtidos, foi observada relação entre as etapas de beneficiamento e a melhora da qualidade fisiológica das sementes, havendo interação significativa para todas as variáveis. O maior teor de água foi observado na moega embora todas as etapas apresentassem alto teor de água, a variável massa de mil grãos teve um acréscimo ao decorrer das etapas, com o maior valor observado no espiral. Ao decorrer das etapas houve uma melhora no poder germinativo e vigor das sementes, sendo a maior porcentagem de danos verificado na mesa densimétrica e o menor valor no padronizador, porém o dano mecânico pode ser observado em todas as etapas.