En este escrito examinamos la relación entre el discurso médico y la higiene escolar en el marco de la institucionalización de la educación primaria en México. El estudio va de 1882, año en que tiene lugar el Congreso Higiénico Pedagógico, hasta mediados del siglo XX, cuando se crea el Instituto Federal de Capacitación del Magisterio, organismo que incidió fuertemente en la profesionalización de los profesores en México. Analizamos los referentes teóricos que fundamentan los programas de higiene, como la eugenesia, el desarrollo que tuvo la higiene en las escuelas a partir de la creación de la SecretarÃa de Educación Pública (SEP) en 1921 y las concepciones que autoridades educativas y médicos tenÃan sobre la insalubridad y el origen de las enfermedades.