O grau heterogêneo do desenvolvimento de Países ou Regiões é definido por um conjunto de determinantes. Entre esses, tem se destacado os sistemas de inovação relacionados. Dessa forma, o presente estudo tem o objetivo de analisar comparativamente a relação entre os incentivos para inovação e os desempenhos, inovativo e econômico, entre os Estados e Regiões do Brasil. Em termos metodológicos, trata-se de um estudo quantitativo, baseados em dados secundários para os sete indicadores de insumos para inovação, oito de desempenho inovativo e três de desempenho econômico, de todos os 26 Estados Brasileiros e mais o Distrito Federal. A análise desses dados foi efetuada por técnicas estatísticas, descritivas e associativas. Esta análise dos resultados possibilita inferir que os incentivos federais para inovação distribuídos pelos Estados e Regiões do País estão fortemente direcionados pela participação desses no PIB do País. De outro lado, esses incentivos estão fortemente ligados aos desempenhos inovativos e econômicos desses Estados e Regiões, com a exceção da minoria dos indicadores que não apresentaram significância. Portanto, políticas públicas de incentivos à inovação devem ser alavancadas uma vez que produzem resultados positivos no desempenho inovativo e, ao final, no desempenho econômico do País e regiões.