A monitoria é um momento importante no processo de formação inicial docente, pois o aluno em formação tem a oportunidade de vivenciar e aperfeiçoar seus conhecimentos entre teoria e prática. Desse modo, o estudo teve como objetivo relatar a experiência na monitoria da disciplina Metodologia Científica, no curso de Licenciatura em Educação Física do Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Ceará, bem como discutir a importância da monitoria como instrumento de aperfeiçoamento da formação inicial docente. A monitoria se desenvolveu de 12 de Dezembro de 2019 a 12 de Dezembro de 2020. Logo, apresentou-se uma autoavaliação sobre as experiências vivenciadas, indicando que cada experiência foi importante para o aprimoramento da prática inicial do ser professor. Por outro lado, podem ser destacadas algumas dificuldades devido à pandemia da Covid-19, pois, alunos relataram que não conseguiam acompanhar a disciplina por falta de equipamentos tecnológicos e acesso à internet, o que dificultou o processo de ensino e aprendizagem.