A sociedade contemporânea é marcada pela fluidez das relações de trabalho, constante modernização das atividades da Administração Pública Federal (APF) e inovação tecnológica ininterrupta. Neste cenário, os documentos arquivísticos têm passado por transformações significativas em seus elementos constitutivos tanto no suporte quanto no conteúdo. Em 2013, a APF lançou o Processo Eletrônico Nacional (PEN) para a construção de uma infraestrutura pública para processos eletrônicos, sendo o Sistema Eletrônico de Informações (SEI) o sistema escolhido pelo PEN como solução de processo administrativo eletrônico. A fim de analisar os impactos dessa iniciativa, apresenta-se aqui um estudo de caso no Ministério da Ciência, Tecnologia e Inovação (MCTI), que analisa o modo como a gestão dos documentos arquivísticos digitais tem sido aplicada e os procedimentos e estratégias que podem contribuir para sua melhoria. Em relação aos resultados, o estudo destaca a concentração da produção de processos finalísticos, em um número limitado de modelos de tipos de processos, fornecendo percepções sobre a gestão de documentos no âmbito das unidades finalísticas do MCTI. O método adotado baseia-se na pesquisa qualitativa marcada por análise interpretativa e descritiva dos fenômenos organizacionais, o qual permite o aprofundamento da compreensão da organização. A conclusão apresenta as contribuições e limitações do uso no SEI/MCTI.