Plant or Fungal Sequences? An Alternative Optimized PCR Protocol to Avoid ITS (nrDNA) Misamplification

Brazilian Archives Of Biology And Technology

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ISSN: 15168913
Editor Chefe: Carlos Ricardo Soccol
Início Publicação: 30/11/1946
Periodicidade: Bimestral
Área de Estudo: Biologia geral

Plant or Fungal Sequences? An Alternative Optimized PCR Protocol to Avoid ITS (nrDNA) Misamplification

Ano: 2010 | Volume: 53 | Número: 1
Autores: Vitor Fernandes Oliveira de Miranda, Vanderlei Geraldo Martins, Antonio Furlan, Maurício Bacci Jr
Autor Correspondente: Maurício Bacci Jr | [email protected]

Palavras-chave: polymerase, dna, drosera, fungi, phylogeny

Resumos Cadastrados

Resumo Português:

Os espaçadores internos transcritos do DNA
nuclear ribossomal (ITS1 e ITS2) de folhas de
Drosera (Droseraceae) foram amplificados com o
emprego de iniciadores “universais”. A análise
demonstrou que a maior parte das amostras
continha uma mistura resultante de amplificações
não-específicas. Dentre as sequências de DNA
obtidas, duas delas foram de fungos
basidiomicetos. Sequências homólogas foram
obtidas do GenBank e analisadas junto às
sequências obtidas de folhas de Drosera. Através
das análises filogenéticas de máxima parcimônia
foi possível identificar uma seqüência como sendo
de um Ustilaginomycetes e outra de
Heterobasidiomycetes (Basidiomycota).
Possivelmente esses organismos estavam
associados às folhas de Drosera e assim não sejam
resultantes de contaminação. Com o objetivo de
otimizar e buscar uma melhor especificidade das
reações de PCR, um protocolo bem sucedido foi
demonstrado com o uso de dimetilsulfóxido
(DMSO) e soroalbumina bovina (BSA).



Resumo Inglês:

The nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacers (ITS1 and ITS2) from leaves of Drosera (Droseraceae)
were amplified using “universal” primers. The analysis of the products demonstrated most samples were a
molecular mixture as a result of unsuccessful and non-specific amplifications. Among the obtained sequences, two
were from Basidiomycota fungi. Homologous sequences of Basidiomycota were obtained from GenBank database
and added to a data set with sequences from Drosera leaves. Parsimony analysis demonstrated that one sequence
was amplified from an Ustilaginomycetes fungus, and another from a Heterobasidiomycetes. Possibly these fungi
were associated to leaves of Drosera, and not because of samples contamination. In order to provide optimization
and a better specificity of PCR (polymerase chain reaction), a very successful method was demonstrated using
dimethyl sulfoxide (DMSO) and bovine serum albumin (BSA) in reactions.