O presente artigo avalia os fundos setoriais, em especial o CT-Agronegócio. Além de apresentar o sistema nacional de inovação agropecuária no Brasil, o trabalho mostra a dinâmica do fundo de desenvolvimento tecnológico relacionado à agricultura. Para tanto, é feita uma rápida descrição dos projetos relacionados à agricultura, que receberam suporte financeiro por meio de outros instrumentos, em especial as ações transversais e os demais fundos setoriais. Os resultados indicam que o CT-Agronegócio é um mecanismo que transforma ciência básica em inovação tecnológica. Por fim, discute-se o fortalecimento das polÃticas de apoio à inovação.