O sistema financeiro desempenha papel crucial em qualquer economia. Fatores como forte regulamentação do setor bancário, mensuração e avaliação em termos de desempenho e eficiência vêm sendo fundamentais para as instituições financeiras. A sustentabilidade de longo prazo de cooperativas e bancos demanda a identificação e a comparação das variáveis que influenciam sua rentabilidade. Este estudo realizou a análise de um painel de instituições com caracterÃsticas similares, compreendendo o perÃodo de 2009 a 2013. Os resultados indicaram que o retorno sobre o ativo dessas instituições mostrou-se afetado por: empréstimos, eficiência (mensurada por meio de análise envoltória de dados), despesas totais, depósitos totais, outras receitas e taxa Selic. Já o retorno sobre o patrimônio lÃquido mostrou-se influenciado por: depósitos totais, empréstimos, taxa Selic, PIB, inflação, outras receitas e despesas totais. Na amostra estudada, os resultados indicaram que não há diferença estatÃstica se a instituição financeira for classificada como banco múltiplo ou como cooperativa de crédito quando considerado o ROE como medida de desempenho.