A hepatite C é um grave problema de saúde pública, afetando cerca de 170 milhões de pessoas em todo o mundo, com morbidade e mortalidade consideráveis. O diagnóstico clÃnico é acidental, considerando que a infecção é frequentemente assintomática. O diagnóstico laboratorial é fundamental para estabelecer a doença ativa. Existem diferentes testes disponÃveis para a confirmação diagnóstica do vÃrus, entre eles técnicas sorológicas e moleculares. O objetivo desta pesquisa foi apresentar as diferentes modalidades técnicas moleculares hoje disponÃveis para a confirmação da doença, considerando suas acurácias e preços diferentes. Foram construÃdos algoritmos para a simulação de cenários realizadas simulações a partir dos dados de acurácia das tecnologias e dos preços das mesmas para o sistema de saúde brasileiro. O estudo evidenciou que os testes moleculares quantitativos, apesar de mais dispendiosos, podem ser uma alternativa menos custosa, considerando o manuseio do paciente no que tange ao diagnóstico laboratorial, resultando numa alternativa de importância para os gestores na incorporação de novas tecnologias no sistema de saúde brasileiro.