O desenvolvimento de alimentos funcionais através da adição de compostos bioativos enfrenta muitas barreiras na produção de novos alimentos. A microencapsulação é uma ferramenta útil para viabilizar a proteção destes compostos nos alimentos, em particular, probióticos, vitaminas, minerais, ácidos graxos, etc. Diversos métodos de microencapsulação têm sido utilizados com o intuito de melhorar a utilização destes ingredientes promovendo a entrega bem sucedida destas substâncias bioativas no trato gastrointestinal. Dentre as técnicas de microencapsulação de compostos bioativos, a extrusão vem sendo empregada para a obtenção de micropartÃculas. Nesta revisão, serão abordados tópicos a respeito de compostos bioativos e como melhorar sua estabilidade através da microencapsulação, dando ênfase ao método e estudos sobre a técnica de extrusão.