No âmbito do estudo dos Sistemas Agroindustriais, neste artigo discute-se o ambiente institucional e os arranjos institucionais sob os pilares do Neoinstitucionalismo Econômico. Considera-se nesse caso, dois níveis analíticos: o nível macro e o nível micro institucional. No nível macro institucional, discute-se sua função enquanto condicionante do comportamento e desempenho competitivo dos agentes. No nível micro analítico, trata dos arranjos institucionais entre os agentes, ou estruturas de governança, tomando-se como orientação a Economia dos Custos de Transação. O objetivo nesta pesquisa é compreender como a Economia dos Custos de Transação, como vertente da Nova Economia Institucional, vem sendo aplicada, no contexto brasileiro, para entendimento do Sistema Agroindustrial da Carne Bovina. Quanto aos procedimentos metodológicos, seu desenvolvimento se dá a partir de fontes de dados secundários, sob a forma de pesquisa teórica, em uma primeira fase, e bibliográfica, na segunda etapa, que possam indicar como esses pressupostos vem sendo utilizados para o entendimento do SAG da carne bovina no Brasil. Deste modo, concluiu-se que a Nova Economia Institucional e a Economia dos Custos de Transação estão sendo muito utilizadas para a compreensão do SAG de carne bovina no Brasil, principalmente no que se refere à coordenação e competitividade deste SAG. Por fim, apesar da recorrência de estudos, problemas históricos no SAG, tais como o oportunismo e as falhas institucionais, permanecem.