A transcritômica permite catalogar todas as diferentes classes de transcritos presentes nas células, possibilitando a quantificação dos níveis de expressão variáveis de cada transcrito durante o processo de desenvolvimento e sob diferentes condições fisiológicas. À tecnologia que se utiliza do sequenciamento de nova geração para analisar o transcritoma dá-se o nome de Sequenciamento de RNA (RNA-Seq). Na agricultura, o RNA-Seq permite, através do estudo das mudanças nos níveis de expressão gênica, explicar os efeitos biológicos causados por alterações ambientais, ocorridas quando uma perturbação externa é inserida no sistema, como por exemplo, uma infecção por um patógeno ou parasita, mudanças nutricionais, restrição hídrica e outros tipos de estresses que as plantas podem sofrer. Elucidando as alterações nos níveis de expressão gênica é possível compreender melhor a relação entre os genes e seus produtos. A descoberta e o estudo de genes envolvidos em características fenotípicas economicamente importantes podem contribuir para o fornecimento de matéria-prima para programas de melhoramento genético em culturas de importância agronômica.
