O trabalho compara os tipos de financiamento das Agências Reguladoras do Setor Saúde - ARS: Agência Nacional de Vigilância Sanitária - ANVISA e Agência Nacional de Saúde Suplementar - ANS. Tratase de um estudo exploratório e descritivo que se utilizou de procedimentos técnicos bibliográficos e documentais. As ARS apresentam basicamente duas fontes de receita: A primeira delas é a arrecadação direta de taxas onde se observou que a ANVISA apresenta uma arrecadação maior que a ANS que foi relacionada à maior variedade de taxas em relação à ANS e as discussões judiciais pela cobrança de taxas contra a ANS. A segunda é o repasse da União por dotação orçamentária onde se observou que a ANS e a ANVISA apresentam forte laço de vinculação econômica com o orçamento da União (espera de dotação orçamentária por lei anual). Concluiu-se que o mix adotado para o financiamento das agências pode não ser capaz de sozinho garantir a independência agencial pretendida. Sugere-se o estabelecimento de um orçamento percentual fixo para as agências reguladoras de forma que possam atuar com a verdadeira autonomia que necessitam para a realização de suas funções.