O sistema imune é responsável pela defesa corporal contra doenças infecciosas e substâncias estranhas. Erros na regulação desse sistema podem desencadear processos patológicos, como autoimunidade e alergias. Fatores genéticos e ambientais são os principais causadores das alergias. A indução à tolerância, pela exposição aos alérgenos, parece ser um método mais apropriado que a restrição aos mesmos. Probióticos são microrganismos vivos que quando administrados em quantidades adequadas conferem benefÃcios ao hospedeiro. Lactobacilli e Bifidobacterium constituem gêneros que possuem importante papel probiótico e produzem bacteriocinas, que auxiliam na destruição de patógenos. O estÃmulo de bactérias da microbiota intestinal tende a reverter a produção de células TH2 para os tipos TH1 e TH3. Prebióticos são ingredientes não-digerÃveis dos alimentos e produzem efeitos benéficos ao hospedeiro, estimulando o crescimento e/ou atividade de bactérias no colo. Doses controladas de prebióticos favorecem a proliferação de bifidobactérias e lactobacilos no intestino, sendo que o leite materno constitui uma fonte natural rica em prebióticos. Probióticos possuem uma quantidade ampla de potenciais terapêuticos para as moléstias gastrintestinais. Probióticos e prebióticos possuem um papel importante no desenvolvimento das respostas imunes, modulando-as e evitando alguns distúrbios imunológicos. Torna-se relevante desenvolver terapias alternativas usando probióticos e prebióticos.