Objetivo: Analisar a qualidade microbiológica das águas residenciais e dos rios Cuiabá e Coxipó, assim como determinar o perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos das estirpes de Escherichia coli isoladas. Método: Foram coletadas 42 amostras de água no municÃpio de Cuiabá-MT, sendo 40 residenciais e uma de cada rio. Realizou-se testes para coliformes totais e termotolerantes, semeadura em ágar EMB, prova de indol e teste de sensibilidade aos antimicrobianos (TSA). Resultados: 2,5% das amostras residenciais e as duas amostras fluviais foram positivas para coliformes totais e termotolerantes. Através dos testes bioquÃmicos, foram isoladas e identificadas sete estirpes de E. coli das amostras dos rios. No TSA, constatou-se que as bactérias de estudo foram sensÃveis a oito antimicrobianos testados, demonstrando resistência somente à penicilina G. Considerações Finais: Mesmo com as intempéries inerentes ao sistema de distribuição, a qualidade da água que chega nas residências cuiabanas é majoritariamente ideal. As águas dos rios estão sendo impactadas pelo despejo de esgotos in natura. A alta sensibilidade das estirpes dos rios aos antimicrobianos indica que ou se originaram de animais silvestres ou de humanos e animais domésticos que pouco entraram em contato com antimicrobianos para produzir pressão seletiva nas estirpes de E. coli da microbiota.