O artigo aborda a trajectória e os desafios da avaliação do desempenho docente na Universidade Pedagógica de Moçambique (UPM). Tendo como base a pesquisa bibliográfica e documental, e a experiência informada dos autores, o texto tem como objectivo geral analisar a trajectória e os desafios da avaliação do desempenho docente, tendo em vista a melhoria da qualidade institucional da UPM. Argumentamos que, apesar do reconhecimento, pelo menos do ponto de vista teórico, do papel da avaliação do desempenho docente na melhoria da qualidade institucional, na prática, ela ainda está associada ao paradigma da objectividade, descurando aspectos emocionais e pouco contribuindo para a auto-reflexão do sujeito em relação ao seu desempenho. Concluímos que a avaliação do desempenho docente tem que ser concebida numa perspectiva holística, que inclua a auto-reflexão do professor sobre a sua prática e que, embora ainda esteja numa fase inicial de construção na UPM, a avaliação do desempenho docente necessita de ser ressignificada de modo a garantir maior contributo para a melhoria da qualidade institucional.