Ensinar ciências envolve obstáculos, sendo que, quando o tema suscita conflitos, o desafio é ainda maior. Esta pesquisa objetivou identificar quais são os principais obstáculos no aprendizado de um tema que gera conflito entre ciência e religião: a origem da vida. Os participantes da pesquisa foram 141 estudantes do IFBA de Simões Filho, que cursavam o 3º ano do Ensino Médio. Os alunos elaboraram dois mapas conceituais, que foram analisados qualitativamente. Foram identificados seis obstáculos: 1 – diferença entre a bagagem de conhecimento científico e religioso, 2 – divulgação de informações científicas erradas em meios de comunicação, 3 – confusões sobre o significado de teoria e lei, 4 – conhecimentos prévios equivocados, 5 – rejeição das teorias científicas por razões religiosas e 6 – postura cientificista de professores durante as aulas. O conhecimento científico pode contribuir para um pensar crítico, mas é essencial respeitar a diversidade sociocultural, como também seus contextos de aplicação, para assim se construir uma sociedade cada vez mais igualitária e justa.